O Laboratório Militar foi criado em 1918 como Farmácia Central do Exército (FCE), com a missão de fornecer medicamentos ao Exército e à Marinha. Na época, constituiu uma das primeiras unidades industriais da então incipiente indústria farmacêutica portuguesa.
Em 1947 a FCE passou a designar-se "Laboratório Militar de Produtos Químicos e Farmacêuticos".
Durante a Guerra do Ultramar, desenvolveu uma grande atividade no abastecimento de medicamentos às Forças Armadas Portuguesas em ação nos vários teatros de operações, através das várias sucursais e delegações instaladas no Ultramar Português.
A 12 de fevereiro de 2018, foi feito Membro-Honorário da Ordem Militar de Avis.
A Lei nº 2/2020 de 31 de março estabelece a criação do Laboratório Nacional do Medicamento (LM) inserido na orgânica do Exército, dotado de autonomia administrativa e financeira e património próprio, e que sucede ao LMPQ em todos os seus direitos e obrigações
A designação “LM – Laboratório Nacional do Medicamento”, visa dar continuidade à marca “LM”, mantendo o valor da mesma, na medida que é um traço distintivo, identificativo e representativo de qualidade dos serviços prestados na área farmacêutica, há mais de 100 anos.