No âmbito do combate à pandemia da Covid-19, o LM contribui para o fornecimento de EPI (Equipamento de Proteção Individual), para as Unidades, Estabelecimentos e Orgãos Militares (UEO)e para as Forças Nacionais Destacadas (FND), numa quantidade que ultrapassou os 2 000 000 de unidades, entre máscaras cirúrgicas, luvas e fatos de proteção integral.
A área de Produção foi também reforçada, de modo a permitir a produção intensiva de Solução Antisséptica de Base Alcoólica (SABA) e de Solução Descontaminante, tendo sido fornecidas mais de 20 toneladas de SABA.
O LM apoiou, paralelamente, Postos de Vacinação, com recursos materiais e humanos, o que se traduziu em mais de 17 000 doses de vacinas administradas. Foi também prestado apoio na área de Diagnóstico e Pesquisa Laboratorial do SARS-CoV2.
No período da pandemia foram armazenados nas instalações do LM, 6520 metros cúbicos relativos à REM (Reserva Estratégica do Medicamentos e Dispositivos Médicos), em resposta ao Despacho 8057/2020 que propôs a criação desta Estrutura, em coordenação com o Ministério da Saúde, DGS, INFARMED, ARS e Unidades Hospitalares, tendo estes produtos sido depois distribuídos dali para todo o país.